化肥是指含有一種或多種植物所需要的礦物質離子的化學合成物，是一種“鹽”。比如尿素是一種高含氮的化肥，硫酸銨是一種含氮和含硫的化肥，在尿素沒合成之前，國內主要推廣的氮肥就是硫酸銨，由于其中的硫離子植物需要不多，會在土壤中殘留而造成土壤酸化和板結，故后來就被淘汰了。
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常用的農用化肥有硫酸鉀、磷酸二氫氨、硝酸銨、氯化鉀、過磷酸鈣、碳酸氫銨等，國內一些地方在剛開始推廣化肥時，主要是推廣追施氮肥，因為氮肥顯效最快，后來發現單施氮肥植物生長繁茂、抗性差、結實少，而后開始注重磷肥、鉀肥的使用，直到現在，大部分農民在追施化肥時，仍然以含氮、磷、鉀素的單一肥料或含有這三種元素的復合肥來使用。
生產普通化肥的設施比較簡陋，流程簡單，通常用普通工業硫酸、硝酸、鹽酸來與含磷、鉀礦石進行反應，制造純度較低的化學肥料。人們認為土壤的緩沖性比較好，化肥中所含的“雜質”會隨降雨和灌溉水淋洗、稀釋而不會傷害植物，不必要求純度和是否含有有害物質，但是，無論有益還是有害化學物質，長期或超量使用均會造成土壤污染，并隨地表水、地下水流向江河湖海，造成面源污染。
無土栽培植物，根系脫離了土壤環境，生長所需的營養和水份完全依靠人為供給來滿足。礦質營養除了氮、磷、鉀三種元素以外，還需補充其他10余種礦質元素。其中鈣、鎂、硫也是大量元素，這三種元素通常在土壤中比較豐富，一般短期內不追施這三種元素也不至缺乏，但長期連作栽培必然需要補充。其他如鐵、硼、錳、鋅、銅、鉬、氯、鎳等必需的微量元素，在溫室土壤中也會隨連作年限的延長其中的鐵、硼、鉬容易缺乏。如不注重各種必需元素的合理配施，植物生長就不健康，產量、品質就受影響，食用這樣的蔬菜對人體也無益處。
因此，我們不僅要使作物高產，還要使作物本身生長健康、生長健壯，進而給我們提供健康的果實。
植物必需的礦物質離子也是人體必需的，如果食物中缺乏有益礦物質，或含有害礦物質離子（如重金屬元素），則對人體健康危害很大，這是土壤栽培和使用普通化肥比較容易發生的問題，但在嚴格意義上的無土栽培，這種現象是完全可以避免。