1、技術繁瑣
了解基本的理論，綜合應用其他知識，水培蔬菜并不難，但有很多細節需要用心處理。水、肥、溫、光、氣、病、蟲各方面，種、苗、花、果各階段，都有很多事情要做。
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2、初期難上手，影響信心
因為繁瑣，初期會碰到不少困難，如果沒有信心，很可能就放棄了，淺嘗則止.最終體會不到豐收的快樂.
3、初期投入較多
能達到實用程度的水培裝置，各方面都要注意到，因此往往是一套設備或材料，相對盆栽只需要一點土、一個花盆或其他容器而言，初期投入要多很多。容易讓人望而生畏。其實只要能動手，生活中好多材料可利用，除必須的外購設備，多數可DIY出來，而且這些設備可長期使用，綜合來看，成本還是不高，或是劃算的。目前武漢快樂農場園藝有限公司就提供適合家庭陽臺不同規格型號的水培專用設施。
4、離完全的有機食品有差距
水培蔬菜，如果不作控制，會導致硝酸鹽、亞硝酸鹽的超標。因此要勤施少施，每一茬就更換一次新的營養液。水培蔬菜與有機食品的標準還有一定差距。但是現在大田種的東西，過量施用化肥甚至有機肥，一樣也可能導致硝酸鹽、亞硝酸鹽的超標，而且肯定會有農藥殘留的問題。在販運過程中，小販噴的水，難免會有細菌的污染。
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因此水培種植相對來講還是比較安全的種植方式之一，在目前比較火熱的陽臺種植資材里面占有很大的市場份額，深受廣大陽臺種菜愛好者的稱道。