定植后的有機蔬菜栽培管理主要有科學的肥水、光照、溫度、空氣的管理，必要的整枝理蔓和人工輔助授粉及病蟲害生態防治等。
1 肥水管理
有機蔬菜栽培初次定植滴灌帶噴滴水量以將基質充分濕透（微有少量水從排水孔流出）為宜，以后的肥量主要根據蔬菜的長勢及生育期通過合理調節有機營養液的濃度來控制，水量調節則根據具體情況而定。
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2 病蟲害生態防治方法有機蔬菜水肥一體化
保護地設施無土栽培，由于人為采用科學的消毒、隔離等生態措施，有效阻斷了病原菌和外源蟲害的侵染，使蔬菜在生長過程中不發生或很少發生病蟲害，需要注意的是，在栽培管理過程中，員工進入大棚要進行必要的消毒以及注意穿戴專門的工作服等，嚴防人員帶菌帶蟲入棚。
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3 其他管理
有機蔬菜栽培中對于其他如光照、溫度、空氣的控制管理以及茄果類、瓜類蔬菜的理蔓整枝等方法與一般的栽培管理相同。由于是保護地栽培，部分瓜果蔬菜利用蜜蜂或人工輔助授粉，可以提高產量，但絕對不可用化學合成的人工激素。
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